Puno a été le berceau de la civilisation Inca. La légende raconte que le premier Inca, Manco Capac, émergea des eaux du Lac Titicaca (le lac navigable le plus haut du monde avec ses 3815 mètres d'altitude et le deuxième plus grand d'Amérique Latine avec 84 000 km2 de superficie) pour fonder son empire comme le Roi Soleil le lui avait ordonné.

Le 4 novembre 1688, le vice-roi Conde de Lemos fonda la ville de Puno, lui donnant le nom de San Carlos de Austria. Avec l’arrivée des sacerdoces espagnols et leur projet de convertir les peuples indigènes au Christianisme, le lieu commença à changer d’allure et à s’orner de magnifiques églises toujours présentes de nos jours.

Cette région du Pérou est célèbre pour la variété et les couleurs de son folklore, assurément le plus riche et le plus fascinant de cette partie du continent. Sa représentation la plus importante est la Virgen de la Candelaria, qui a lieu en février.