La citadelle baigne dans une onde de mystère que les archéologues n'ont pas encore réussi à percer à ce jour. Ils étudient l'histoire et la fonction de cette ville de pierre de presque un kilomètre de long, érigée par les Incas dans cette zone géographique magnifique où cohabitent l'andin et l'amazonien... Les résultats des recherches ne sont qu'hypothèses et suppositions.
Il s'agirait, pour certains, d'un avant-poste de projet de conquête Inca. D'autres la décrivent comme un monastère où furent formées des jeunes filles (acllas), servantes de l'Inca et Willac Uno (Le prêtre supérieur). Cette dernière hypothèse se fonde sur des recherches réalisées sur la découverte de 135 corps, parmi lesquels 109 appartenaient à des femmes.
La surprenante perfection et beauté des murs de Machu Picchu, construits de manière à ce que chaque pierre s'emboîte parfaitement l’une à l’autre sans ciment ni collage, a donné naissance à de nombreux mythes.
